Está integrado por el Rector, los/as Directores/as de los Institutos, docentes, nodocentes, estudiantes y graduados/as. Algunas de sus funciones son: crear carreras y órganos de la Universidad; aprobar los planes de estudio de las carreras; elegir a los/as Directores/as de Instituto y a los/as Directores/as de Carrera; dictar el régimen de estudios y de disciplina; aprobar el calendario académico; establecer el régimen laboral y salarial para el personal de la Universidad; establecer las pautas y prioridades para la investigación científica y tecnológica de la Universidad; aprobar el presupuesto anual de la institución.
Autoridades
Rector (Presidente del Consejo Superior):
Jaime Perczyk (en uso de licencia)
Vicerrector: Walter Wallach
Secretario del Consejo Superior: Nicolás Vilela.
Directores/as de Institutos: Ezequiel Consiglio (Salud Comunitaria), Sebastián Calvo (Biotecnología), Gustavo Medrano (Tecnología e Ingeniería) y Cristina Magno (Educación).
Claustro docente
Titulares: Walter Wallach, Elizabeth Wanger,Nicolás Vilela, Andrea García, María Sanabria Prette, Luis Bamonte, Anabella Rondina, Lucía Giménez, Francisco Benito, Juan Pedrosa
Suplentes: Jaime Perczyk, Ezequiel Consiglio, Andrea Scagnetti, José María Ochoa, Marcela Pillof, Ernesto Gallegos, Claudia Torre, José Luis Porta, Milca Cuberli, Marcela Moguilevsky
Claustro personal auxiliar técnico, administrativo y de servicio
Titulares: Daniel Pico, Alejandra Zabala
Suplentes: Gonzalo Corvalán, Mariana Gutierrez
Claustro estudiantil
Titulares: Martin Stephanie Aleman Huencho, Mateo Noya Valcarce, Dalma Beatriz Chamorro, Brenda Anahí Marcilio.
Suplentes: Joan Lucas Martínez Díaz, Griselda Emilce Peralta, Alejo Pérez, Bárbara Darizcuren Pace
Claustro de graduados/as y Consejo Social comunitario
Graduados/as:
Titular: Adrián Di Lizio
Suplente: Mirta Galván
Consejo Social y Comunitario:
Titular: Fabián Galeano
Suplente: Rody Rodríguez
Consejeros/as
El mandato de los/as Consejeros/as será de dos (2) años, y podrán ser reelegidos/as. Su desempeño será ad honorem. Se elegirán consejeros/as suplentes que reemplazarán a los/as titulares según lo previsto en el reglamento del Consejo Superior . La elección de los/as consejeros/as se regirá por lo establecido en el régimen electoral.